“单细胞转录组测序”热度持续未散,但你真的入门了吗?
单细胞转录组测序技术,以单个细胞为特定研究对象,以转录测序为技术手段,并对获得的数据进行生物信息学分析的新技术。
随着各种单细胞测序技术的发展,相关研究也越来越成熟,也发展出各种单细胞水平的研究,如:单细胞甲基化、m6a等,使研究的水平从宏观水平向单细胞水平,研究的精度也越来越高。
但是对于普通科研人员来说,”单细胞转录组测序“这个词很火,自己想要做相关研究,还面临着了解不深和无从下手的情况。究竟情况如何,我们总结了几个大家较为关心的问题:
单细胞测序成本贵吗?
以前,拿样本到测序公司去测还是比较昂贵的,一个样要大几万块,因此对大部分普通的科研人员来说,单细胞测序是可望而不可及的。目前而言,一个样只要2-3万,甚至少于2万的也有,对于不少科研人员来说,还是可以接触和使用了!
那是否有办法以较低的门槛进行单细胞测序分析呢?
有,如果数据库中有现成的单细胞测序数据,并且我们能有效利用数据库中现有的单细胞测序数据来分析,那么就可以零成本跨入单细胞测序的大门了。
目前数据库中有这样的数据吗?
有,以常见的GEO数据库为例,在GEO中,单细胞测序数据集覆盖正常组织、血液、胚胎等各类组织,肿瘤、炎症、神经疾病等各种常见病类型,人、小鼠、斑马鱼等各种模式生物,为挖掘单细胞数据提供了极大的便利,同时也大大节省了实验成本。
去哪里能学到单细胞测序数据挖掘呢?
单细胞数据的挖掘相对来说确实有更大的分析难度,可学习的公开资料参差不齐,懂原理会方法的的人少,现成的工具更是少之又少。为了克服这样的痛点,小张聊科研开设了“单细胞转录组数据挖掘实战班”课程,带大家一起去“入门”高大上的单细胞测序分析,尝试发表单细胞转录组测序数据挖掘文章。
上完这个课我能学到什么?
1、掌握R语言基本语法
2、了解单细胞转录组测序基本概念及原理
3、了解单细胞转录组测序主要的数据库
4、掌握单细胞转录组测序数据的下载方法
5、掌握单细胞转录组测序挖掘常规思路
6、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图
7、熟悉单细胞转录组发文思路
8、无论是单样本、还是多样本比较分析,统统掌握
无论是从数据库获取、还是拿到测序公司给的数据,本课程都适合您!
讲师介绍
Dr. Jiang,生物信息学博士,精通C语言、R语言和Linux shell编程,有十余年的各种测序数据分析经验,研究内容涉及基因组、转录组,单细胞转录组、单细胞空间转录组、GEO芯片等数据的分析工作,掌握群体遗传学与表观遗传学的分析技术,具备挖掘miRNA、m6a与癌症的关系的能力,发表论文30余篇,其中一作10篇。
适合人群
广大临床/科研工作者,研究生,零基础也可以参加。
零基础人员和需要提高者可以课前学习“R语言基础与绘图”录播课,这样上课更容易消化和吸收知识。课程链接如下:https://ke.qq.com/course/1184328?tuin=831272e
部分课程图片展示
小提琴图展示marker基因表达
点图展示marker基因表达
山脊图展示marker基因表达
细胞的聚类分群:非线性降维可视化(UMAP/tSNE)
还有更多未列出。。。。。
原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/KxUY8JjBrBS_bB2Ayja2YA