​“单细胞转录组测序”热度持续未散,但你真的入门了吗?

 

单细胞转录组测序技术,以单个细胞为特定研究对象,以转录测序为技术手段,并对获得的数据进行生物信息学分析的新技术。

 

 

随着各种单细胞测序技术的发展,相关研究也越来越成熟,也发展出各种单细胞水平的研究,如:单细胞甲基化、m6a等,使研究的水平从宏观水平向单细胞水平,研究的精度也越来越高。

但是对于普通科研人员来说,”单细胞转录组测序“这个词很火,自己想要做相关研究,还面临着了解不深和无从下手的情况。究竟情况如何,我们总结了几个大家较为关心的问题:

 

单细胞测序成本贵吗?

以前,拿样本到测序公司去测还是比较昂贵的,一个样要大几万块,因此对大部分普通的科研人员来说,单细胞测序是可望而不可及的。目前而言,一个样只要2-3万,甚至少于2万的也有,对于不少科研人员来说,还是可以接触和使用了!

 

那是否有办法以较低的门槛进行单细胞测序分析呢?

,如果数据库中有现成的单细胞测序数据,并且我们能有效利用数据库中现有的单细胞测序数据来分析,那么就可以零成本跨入单细胞测序的大门了。

 

目前数据库中有这样的数据吗?

,以常见的GEO数据库为例,在GEO中,单细胞测序数据集覆盖正常组织、血液、胚胎等各类组织,肿瘤、炎症、神经疾病等各种常见病类型,人、小鼠、斑马鱼等各种模式生物,为挖掘单细胞数据提供了极大的便利,同时也大大节省了实验成本。

 

去哪里能学到单细胞测序数据挖掘呢?

单细胞数据的挖掘相对来说确实有更大的分析难度,可学习的公开资料参差不齐,懂原理会方法的的人少,现成的工具更是少之又少。为了克服这样的痛点,小张聊科研开设了“单细胞转录组数据挖掘实战班”课程,带大家一起去“入门”高大上的单细胞测序分析,尝试发表单细胞转录组测序数据挖掘文章。

 

上完这个课我能学到什么?

1、掌握R语言基本语法

2、了解单细胞转录组测序基本概念及原理

3、了解单细胞转录组测序主要的数据库

4、掌握单细胞转录组测序数据的下载方法

5、掌握单细胞转录组测序挖掘常规思路

6、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图

7、熟悉单细胞转录组发文思路

8、无论是单样本、还是多样本比较分析,统统掌握

无论是从数据库获取、还是拿到测序公司给的数据,本课程都适合您!

 

 

讲师介绍

Dr. Jiang,生物信息学博士,精通C语言、R语言和Linux shell编程,有十余年的各种测序数据分析经验,研究内容涉及基因组、转录组,单细胞转录组、单细胞空间转录组、GEO芯片等数据的分析工作,掌握群体遗传学与表观遗传学的分析技术,具备挖掘miRNA、m6a与癌症的关系的能力,发表论文30余篇,其中一作10篇。

 

适合人群

广大临床/科研工作者,研究生,零基础也可以参加。

零基础人员和需要提高者可以课前学习“R语言基础与绘图”录播课,这样上课更容易消化和吸收知识。课程链接如下:https://ke.qq.com/course/1184328?tuin=831272e

 

部分课程图片展示

 

小提琴图展示marker基因表达

 

 

点图展示marker基因表达

 

 

 

山脊图展示marker基因表达

 

 

 

根据marker基因进行细胞分群注释

 

 

细胞的聚类分群:非线性降维可视化(UMAP/tSNE)

 

 

还有更多未列出。。。。。

 

原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/KxUY8JjBrBS_bB2Ayja2YA

 

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